Educación pastoral
En 1943 ingresó en el seminario clandestino que había fundado Monseñor Adam Stefan Sapieha, cardenal arzobispo de Cracovia, iniciando la carrera de Teología. Fue ordenado sacerdote de la Iglesia Católica el 1 de noviembre de 1946 en la capilla privada arzobispal. Poco después se trasladó a Roma para asistir a los cursos de la Facultad de Filosofía del Pontificio Ateneo Angelicum, obteniendo el doctorado en Teología con la tesis El acto de fe en la doctrina de San Juan de la Cruz. En 1948 regresó a Polonia y ejerció su primer ministerio pastoral como vicario coadjutor de la parroquia de Niegowić, en los alrededores de Cracovia, durante trece meses. En noviembre de ese mismo año obtuvo la habilitación para ejercer la docencia en la Facultad de Teología de la Universidad Jagellónica. El 17 de agosto de 1949 se trasladó como vicario a la parroquia de San Florián, enCracovia, donde ejerció el ministerio durante dos años, alternándolo con su trabajo de consejero de los estudiantes y graduados de la universidad estatal de esa ciudad. Era muy popular entre los estudiantes, con los que iba muchas veces de excursión, cosa que no era común en aquellos tiempos, pues podía llamar la atención de las autoridades policiales. Nombrado profesor de Teología Moral y Ética Social del seminario metropolitano de Cracovia el día 1 de octubre de 1953, comenzó en 1954 a impartir clases de Ética en la Facultad de Filosofía de la Universidad Católica de Lublin, en la que dos años después fue nombrado director de dicha Cátedra. El 4 de julio de 1958, el Papa Pío XII lo consagró obispo auxiliar de la archidiócesis de Cracovia, bajo el administrador apostólico, arzobispo Eugeniusz Baziak. A partir del 11 de octubre de 1962, comenzó a tomar parte activa en el Concilio Vaticano II, destacando sus puntualizaciones sobre el ateísmo moderno y la libertad religiosa. El 8 de diciembre de1965 pasó a formar parte de las congregaciones para los Sacramentos y para la Educación Católica, y del Consejo para los Laicos. En 1962, al morir el arzobispo Baziak, fue nombrado vicario capitular y el30 de diciembre siguiente el Papa Pablo VI lo consagró arzobispo de Cracovia. El 29 de mayo de 1967fue elevado a la dignidad de cardenal, lo que le convirtió en el segundo más joven de la época, con 47 años de edad.