Juan Pablo II en el 2004.

El 13 de mayo de 1981 Mehmet Ali Ağca disparó contra el Papa, mientras éste se desplazaba por la Plaza de San Pedro en un vehículo abierto. El pontífice fue herido en la mano, brazo y abdomen. Pocos años más tarde en diciembre de 1983, el Papa lo visitó a la cárcel de Rebibbia, conversó con él y le otorgó el perdón. El atentado motivó la construcción de un vehículo especial con cristales blindados diseñado especialmente para este tipo de actos y que fue popularmente bautizado como Papamóvil. Desde aquella agresión comenzó a sufrir diversos problemas de salud: además de las dificultades que tuvo para recuperarse de las heridas de bala que sufrió en el estómago y en una mano, padeció luego un cáncer de intestino, la fractura del fémur y de un hombro y, desde los años 1990, tuvo que sobrellevar la enfermedad de Parkinson, de origen genético. Esto no impidió que, a fines de los años 80, su actuación en Polonia y su influencia en los acontecimientos que se producían en el entonces bloque comunista contribuyeran de modo considerable a la caída de los regímenes de Europa del Este, según coinciden numerosos historiadores. El 1 de julio de 1986, Juan Pablo II visitó Colombia —como consecuencia de la tragedia de Armero enTolima— y fue al lugar de los hechos, y frente a una gran cruz oró por un rato y nombró el sitio como lugar santo en honor a los 25.000 muertos de esa trágica escena que tuvo que vivir el pueblo colombiano una semana después del holocausto de la toma del Palacio de Justicia en Bogotá, en el cual murieron 80 personas (o incluso más). Más de una década después, y pese a su implacable deterioro físico, en marzo de 2003 Juan Pablo II se opuso con todas sus fuerzas y autoridad a la invasión estadounidense de Irak. En esa misión evidenció la misma determinación que había mostrado al inicio de su pontificado para mediar elConflicto del Beagle entre Argentina y Chile en 1978, cuando se encontraban al borde de un enfrentamiento. Entre los principales episodios de su pontificado está la primera visita de un Papa a una iglesia luterana (Roma, 1983), la primera a una sinagoga (Roma, 1986), la Jornada Mundial de Oración por la Paz(Asís, 1986) y la excomunión del obispo Marcel Lefebvre (1988). Ese año se produjo un hecho histórico: Juan Pablo II visitó un país ortodoxo, Grecia, y entró en una mezquita, la de Damasco (Siria), siendo la primera vez que un Pontífice católico pisaba una mezquita y oraba en su interior. Asimismo, figuran el primer encuentro de un Papa con una comunidad musulmana (Casablanca, 1985), el Año Santo de 1983, a partir del cual creó las Jornadas Mundiales de la Juventud, celebradas en Roma (varias veces), Buenos Aires, Santiago de Compostela (España), Denver (Estados Unidos), Manila (Filipinas), Czestochowa (Polonia), París (Francia), Toronto (Canadá), Colonia (Alemania), Sídney (Australia) y próximamente en Madrid (España) en 2011. También destaca el encuentro con el último presidente de la URSS, Mijaíl Gorbachov, en diciembre de 1989, la normalización de la Iglesia Católica en los países europeos hasta entonces comunistas, y la visita realizada en enero de 1998 a Cuba, donde fue recibido con todos los honores por Fidel Castro. Aparte de sus catorce encíclicas, con Juan Pablo II se han publicado los nuevos Códigos de Derecho Canónico Latino8 (1983) y Oriental, así como el Catecismo Universal de la Iglesia Católica9 (1992), fruto del sínodo especial de obispos de 1985, dedicado al Concilio Vaticano II. Juan Pablo II pidió perdón por los errores cometidos por la Iglesia Católica entre ellos, el del científico italiano Galileo Galilei (1564 - 1642) a quien la Inquisición le hizo retractarse de sus teoríasheliocéntricas el 22 de junio de 1633. Su gran deseo, que materializó, fue llegar al año 2000, abrir la Puerta Santa de la Basílica de San Pedro e introducir la Iglesia en el tercer milenio con el Jubileo del 2000. En la primavera de 2000 pudo por fin pisar Tierra Santa. Visitó el Monte Nebo, donde (según la Tanaj o Antiguo Testamento) el profeta Moisés vio la Tierra Prometida antes de morir; Belén, Jerusalén, Nazaret y varias localidades de Galilea. Durante ese viaje, Juan Pablo II, el primero en reconocer en 1986 los derechos nacionales del pueblo palestino y entablar relaciones diplomáticas plenas con Israel en 1994, ofició misa en la Plaza del Pesebre de Belén, pidió perdón en el Muro de las Lamentaciones y en el Museo del Holocausto por los errores cometidos por los cristianos que persiguieron a los judíos y celebró misa en el Santo Sepulcro. Al concluir su pontificado con su muerte, Juan Pablo II dejó pendientes dos viajes: uno a Moscú, ante la oposición del patriarca ortodoxo Alejo II, que acusaba a la Iglesia Católica de "proselitismo" en su área de influencia y otro a China, donde el régimen comunista prohíbe la obediencia de la Iglesia Católica china a la Santa Sede, además de haber conflictos con el Vaticano a causa del reconocimiento de Taiwán desde 1949. Tras una fractura en el cuello del fémur, su salud empezó a ser objeto de numerosas especulaciones debido al deterioro físico sufrido y a su avanzada edad, que irán a más hasta 2005. En aquel año tuvo que ser hospitalizado por un síndrome de dificultad respiratoria. Se le realizó una traqueotomía a mediados de marzo. Hacia finales del mismo mes su estado se agravó y entre el 31 de marzo y el 1 de abril sufrió una septicemia por complicación de una infección de vías urinarias. Falleció el 2 de abril de 2005 a las 21:37 (hora de Italia). Pocos minutos después, Monseñor Leonardo Sandri anunció la noticia a las personas congregadas en la Plaza de San Pedro y al mundo entero. Los días después de su muerte, algunos periódicos publicaron que su última palabra fue "Amén", sin embargo el Vaticano desmintió esta versión y afirmó que las últimas palabras fueron "Déjenme ir a la casa de mi Padre". La muerte fue comprobada por el Cardenal Camarlengo Eduardo Martínez Somalo. El Camarlengo comunicó la muerte al Cardenal Camillo Ruini, como "Vicario para la Urbe" y el Cardenal-Decano del Colegio Cardenalicio, Joseph Ratzinger, informó oficialmente a todos los Cardenales convocándolos al Cónclave,18 al declararse la Sede Vacante. Al ser anunciada su muerte, en medio del rezo del Rosario, el público presente en la Plaza de San Pedro prorrumpió en nutridos aplausos. Las luces de su habitación en el Vaticano se apagaron por un instante para comunicar de esta manera el momento de su fallecimiento, pero luego fueron encendidas nuevamente y así permanecieron. Su muerte se produjo debido a una septicemia y a un colapso cardiopulmonar irreversible, agravado por su enfermedad de parkinson. Tenía 84 años. En su agonía, le dictó a su secretario, Stanisław Dziwisz, una carta en la que decía: "Soy feliz, séanlo también ustedes. No quiero lágrimas. Recemos juntos con satisfacción. En la Virgen confío todo felizmente". El portavoz del Papa, Joaquín Navarro Valls afirmó inicialmente que el pontífice, en sus últimos momentos, dedicó unas palabras a la multitud, sobre todo gente joven, reunida en la Plaza de San Pedro (Yo los he buscado y ahora ellos vienen a buscarme, les doy las gracias), haciendo el gesto de la bendición hacia la ventana de sus aposentos, hacia los fieles apostados en la Plaza de San Pedro. Sin embargo, el médico que certificó la muerte ha señalado que el Papa permaneció inconsciente durante los últimos cincuenta minutos de su vida y que, por lo tanto, tales frases tuvo que decirlas al menos una hora antes de su fallecimiento. Los funerales manifestaron el alto grado de aprecio que sentían por Juan Pablo II, no sólo mandatarios de muchos países,19 sino también gente de toda condición social. Tuvieron una alta resonancia política por algunos gestos inesperados, como el saludo entre los mandatarios de Israel, Irán y Siria.